Au début de l’année 2021, les bonnes nouvelles arrivaient enfin sur le front de la pandémie de covid 19. Sa transmissibilité augmentée faisait craindre une accélération de la pandémie. Les efforts inédits de la population avaient fait descendre ce nombre en dessous de 1, indiquant que chaque malade contaminait moins d’un autre individu, laissant espérer une diminution du nombre de nouveaux cas. Malheureusement, Alpha avait une transmissibilité environ 50% plus importante que la souche historique, avec un nombre de reproduction de base approchant 5.
L’émergence des variants, un phénomène normal et pris en compte
Les virus, comme toute entité vivante, évoluent en permanence. C’est cette évolution biologique accélérée mais normale et attendue, que le monde entier observe depuis un an. Le phénomène a été largement documenté sur d’autres virus, tels les virus influenza . Cela n’est d’ailleurs pas sans poser des contraintes pour le contrôle de ces virus, pour lesquels les vaccins doivent être constamment remis à jour.
Pour adapter les réponses à ces émergences, il est particulièrement important de garder en tête que la détection de nouveaux variants dans une localité particulière ne veut pas dire qu’ils y sont apparus ni même qu’ils ne circulent qu’à cet endroit. L’exemple d’Omicron est particulièrement criant. Identifié en Afrique du Sud, il a aussi été détecté à Hongkong , au Botswana et, après avoir commencé à le rechercher, les autorités sanitaires se sont rendu compte qu’il s’était déjà disséminé à travers le monde. Pour l’heure, on a principalement observé des variants avec une transmissibilité augmentée.
Variants du Sars-Cov-2 : le cas Omicron
Fin novembre 2021, la découverte du variant Omicron a déclenché une alerte mondiale car les premières données laissent à penser que ce variant hautement transmissible provoque plus de réinfections que les autres. Si tel était bien le cas, cela signifierait que, parallèlement à une transmission élevée chez les personnes non immunisées, les personnes précédemment infectées ou vaccinées, seraient également à risque d’être réinfectées. Avec une transmission très intense et un échappement immunitaire, c’est la pandémie qui redémarrerait – avec son cortège de restrictions. Par contre, à court terme, la très forte diffusion d’Omicron au sein de la population non immunisée présentant des facteurs de risque pourrait mettre à mal le système de santé.
L’impact de la population d’origine dans l’émergence d’un virus
Bien qu’aujourd’hui l’histoire évolutive de ce variant reste inconnue, plusieurs hypothèses semblent possibles, liées à l’environnement dans lequel se trouve le virus. Les mutations observées ont pu s’accumuler de façon régulière, sans être détectées pendant des mois parce qu’elles n’engendraient pas de changements épidémiologiques majeurs – sur la transmissibilité, la létalité ou l’immunité engendrée. Ce cas de figure se retrouve particulièrement au sein des populations faiblement vaccinées où le virus peut circuler et parcourir des «paysages adaptatifs» extrêmement compliqués sans être trop freiné – jusqu’à arriver au fameux variant Omicron. Ces «paysages» sont les milliers de combinaisons de mutations que le virus peut avoir avec chacune un impact sur les caractéristiques épidémiologiques compliqué à prédire.
On sait que l’évolution intra-hôte du VIH est extrêmement importante et joue sur la diversité comme sur l’épidémiologie des virus au sein de la population. Enfin, dernière possibilité, l’augmentation des pressions de sélection auxquelles est soumis le virus. En effet, plus une population est immunisée contre le virus circulant , plus un variant présentant un avantage compétitif va pouvoir se répandre.
Ce que cela veut dire pour la pandémie en cours
Il est fort probable que de nouveaux variants soient identifiés dans les prochains mois, et que l’un d’eux présentant un échappement immunitaire important se retrouve sur le devant de la scène. Certaines mutations sont déjà suivies à cet égard. Ce qui est absolument évident, c’est que pour évoluer un virus a besoin de se transmettre. Il est plus que temps de comprendre que cette pandémie se joue à un niveau planétaire, et que le virus ne rencontrera jamais de frontières suffisamment imperméables.